Nachdem Thomas (Dylan O'Brien) dem Labyrinth entkommen ist und die Brandwüste durchquert hat, sind die Abenteuer für ihn und seine Freunde noch längst nicht ausgestanden. Ein Jahr ist vergangen. Inzwischen haben er, Newt (Thomas Brodie-Sangster), Minho (Ki Hong Lee) und Teresa (Kaya Scodelario) so einiges in Erfahrung gebracht. Sie wissen nun, dass sie Teil eines groß angelegten Experiments waren, mit dem die Organisation Wicked ein Heilmittel für die weltweit ausgebrochene Seuche namens Der Brand finden wollte, die Menschen in tollwütige Bestien verwandelt. Thomas gehört zu den wenigen Personen, die gegen den letztendlich tödlich endenden Virus immun sind, und so fällt es nun ihm zu, den Verfall der Menschheit aufzuhalten.

Durch Zufall stößt der Journalist Gary Webb in den 1990er Jahren auf Verstrickungen von CIA mit mittelamerikanischen Drogenkartellen. Durch Kokainverkauf in den Straßen von South Central L.A. wurden die Contras in Nicaragua finanziert. Seine brisanten Enthüllungen in den San José Mercury News lösen ein politisches Erdbeben aus. CIA schlägt mit Verleumdungen zurück und auch Kollegen renommierter Medien diffamieren den Autor, der nicht nur um Ansehen, Job und Familie kämpfen muss, sondern auch um sein Leben.