Um das dunkle Kapitel seiner Vergangenheit endlich auszulöschen, muss Jason Bourne sich dieser stellen. Das Projekt, welches ihn erschuf, wird auch weiterhin illegal fortgesetzt. Bourne macht sich daran, den Mord an seiner Freundin zu rächen. Unterstützt wird er dabei von Nicki, einer ehemaligen Agentin und der CIA-Agentin Landy. Doch auch der CIA-Chef Vosen hat seine Killer schon auf Bourne angesetzt, damit alle Gefahren für die Weiterführung des Projekts beseitigt werden.

Dr. Will Caster gelang ein Quantensprung im Bereich der künstlichen Intelligenz. Er schaffte es, das kollektive menschliche Wissen sowie menschliche Emotionen auf den Computer zu übertragen. Doch dies ruft auch viele technikkritische Gegner auf den Plan. Als es einem von ihnen gelingt, Will schwer zu verwunden, sieht seine Ehefrau Evelyn nur einen Weg, um sein Leben zu retten: Sie muss den Verstand ihres Mannes in den Computer übertragen.