Michael Crichtons Buch "Andromeda", das schon 1971 fürs Kino verfilmt wurde, als Zweiteiler fürs Fernsehen. Es geht um eine mikroskopisch kleine, außerirdische Lebensform, die fast alle Menschen in einem kleinen Kaff getötet hat. Nur ein Baby und ein älterer Mann leben noch. In einer hochmodernen Forschungsstation in der Wüste versuchen Wissenschaftler herauszufinden, warum ausgerechnet die beiden überlebt haben.

Nach einem Überfall strandet eine Gruppe von Wissenschaftlern, Zivilisten und Soldaten an Bord des außerirdischen Forschungsschiffes "Destiny". Unter der Leitung von Dr. David Rush und Colonel Everet Young stellen sie fest, dass sich das Schiff auf einem offenbar vorprogrammierten Kurs durch das Weltall befindet und ein Verlassen nur während der eingeplanten Zwischenstopps möglich ist, die sie zu immer neuen Planeten und Spezies führen ...

Die FBI-Agentin Olivia Dunham kommt einem Komplott auf die Schliche, bei dem der alternde Wissenschaftler Walter Bishop und sein mysteriöser Sohn Peter eine große Rolle spielen. Um in der Sache weiter zu kommen, muss Olivia Walter aus einer Irrenanstalt befreien. Gemeinsam lösen sie die unglaublichsten Fälle, die das FBI auf den Tisch bekommt und decken dabei langsam ein Geheimnis von unvorstellbaren Ausmaßen auf.