Nachdem ein massiver Sonnensturm das schützende Magnetfeld der Erde stark beschädigt hat, warnt der Wissenschaftler Joshua Chamberlain (Jason Tobias) vor weiteren Sonnenstürmen, die das Eis der Polkappen schmelzen lassen könnten und für massive Überflutungen sorgen würden. Doch seine Warnungen werden weder von seinen Kollegen, noch von seiner Frau Pamela (Summer Spiro), die auch für die Regierung im Katastrophenmanagement arbeitet, ernst genommen. Joshua beschließt für den Fall der Fälle seine eigene Arche zu bauen. Es kommt wie vorher gesagt: Eine weitere Sonneneruption zerstört das verbliebene Erdmagnetfeld komplett und das Eis der Erde schmilzt rasend schnell. Die Menschheit hat kaum noch Zeit sich in Sicherheit zu bringen und der Überlebenskampf um die letzten Vorräte und trockenen Zufluchtsorte auf dem Planeten ist gnadenlos.

Storm Trooper spielt in naher Zukunft in einem Polizeistaat. Grace (Carol Alt) gewährt einem Flüchtling Unterschlupf, der von einem Trupp Special Agents verfolgt wird, die den Auftrag haben, ihn zu töten.