Der für seinen Wagemut bekannte Air-Force-Pilot Rick Janssen wird für ein Militärexperiment ausgesucht, mit dessen Hilfe ein Mensch für das Überleben auf dem Saturnmond Titan vorbereitet werden soll. Zunächst erscheint es, als wäre der Versuch erfolgreich: Rick entwickelt tatsächlich übermenschliche Fähigkeiten, aber dann stellt sich heraus, dass auch Nebenwirkungen nicht ausbleiben. Und die bringen nicht nur Rick selbst in Lebensgefahr, sondern auch seine Familie und vielleicht auch die gesamte Menschheit.

Der 26-jährige Caleb arbeitet als Web-Programmierer in einem großen Internetkonzern. Als er ein firmeninternes Gewinnspiel mit Bravour meistert, besteht Calebs Preis darin, seinen obersten Vorgesetzten, den öffentlichkeitsscheuen Konzernchef Nathan, auf dessen abgelegenem Grundstück in den Bergen besuchen zu dürfen. Doch Caleb ist nicht der schönen Aussicht wegen in das Refugium eingeladen worden. Schnell wird ihm klar, dass seine Anwesenheit Teil eines faszinierenden Experiments ist. In seinem Domizil beherbergt Nathan die weltweit erste künstliche Intelligenz: den weiblichen Roboter Ava, mit dem Caleb kommunizieren und eine Verbindung aufbauen soll. Schon bald geraten er, Nathan und Ava in ein gefährliches Dreieck aus Liebe, Eifersucht und Misstrauen...

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

In der Stadt Nome in Alaska geschehen seit den 60er Jahren seltsame Dinge, viele Menschen berichten von Schlafproblemen und von "Eulen" die sie Nachts gesehen haben wollen. Einige Einwohner sind verschwunden, manche tauchen wieder auf, andere nicht. Das FBI hat überdurchschnittlich oft in der Stadt Ermittelt, jedoch immer ohne ein Ergebnis. Nach dem Tod ihres Mannes, der viele dieser Vorfälle untersucht hat, übernimmt die Psychologin Dr. Abigail Tyler die Untersuchungen. Sie versucht es schließlich bei einem ihrer Patienten mit Hypnose, doch dabei wird dieser mit einem so erschreckenden Erlebnis konfrontiert, dass er anschließend seine Familie und sich selbst erschießt. Der Sheriff der Stadt macht Dr. Tyler Vorwürfe und glaubt ihr auch ihre Untersuchungsergebnisse nicht. Einzig von dem befreundeten Kollegen Abel Campos wird sie unterstützt. Ein weiterer Versuch bei einem Patienten unter Hypnose etwas zu erfahren endet ebenfalls äußerst tragisch.

In Tschernobyl, dem ehemaligen Atomkraftwerk, verschanzt sich ein Mitglied der russischen Armee, welcher die Kinder des russischen Präsidenten entführt hat. Um der Bedrohung Herr zu werden, aktiviert die russische Regierung den Unisol Luc Deveroux, der sich daran machen soll, die Gefahr zu bannen und den für die Entführer kämpfenden Unisol Pit Bull auszuschalten. Als dies gelingt, wähnt man sich schon in Siegerstimmung, jedoch haben die Geiselnehmer noch einen Trumpf im Ärmel: Deverouxs ehemaligen Kameraden Andrew Scott, welcher sich nicht so leicht überrumpeln lassen wird wie Pit Bull ...

In der Stadt Nome in Alaska geschehen seit den 60er Jahren seltsame Dinge, viele Menschen berichten von Schlafproblemen und von "Eulen" die sie Nachts gesehen haben wollen. Einige Einwohner sind verschwunden, manche tauchen wieder auf, andere nicht. Das FBI hat überdurchschnittlich oft in der Stadt Ermittelt, jedoch immer ohne ein Ergebnis. Nach dem Tod ihres Mannes, der viele dieser Vorfälle untersucht hat, übernimmt die Psychologin Dr. Abigail Tyler die Untersuchungen. Sie versucht es schließlich bei einem ihrer Patienten mit Hypnose, doch dabei wird dieser mit einem so erschreckenden Erlebnis konfrontiert, dass er anschließend seine Familie und sich selbst erschießt. Der Sheriff der Stadt macht Dr. Tyler Vorwürfe und glaubt ihr auch ihre Untersuchungsergebnisse nicht. Einzig von dem befreundeten Kollegen Abel Campos wird sie unterstützt. Ein weiterer Versuch bei einem Patienten unter Hypnose etwas zu erfahren endet ebenfalls äußerst tragisch.

In einer unbestimmten Zukunft hat die Technologie gewaltige Fortschritte gemacht, sodass sogar Zeitreisen kein Problem mehr darstellen. Die Firma "Time Safari" bietet diese mit einem besonderen Unterhaltungswert an: Großwildjagden auf Dinosaurier. Doch bei einem dieser Ausflüge in die Vorgeschichte wird unbeabsichtigt ein Schmetterling getötet, der sich als unverzichtbares Teilstück der späteren Evolutionsgeschichte erweist. In der Gegenwart machen sich erste Veränderungen der Zeitlinie bemerkbar. Nun muss der Safari-Scout Travis Ryer zurück in die Vergangenheit.

Im zweiten Weltkrieg versuchen Nazi-Wissenschaftler auf dem Gebiet des Okkulten mit Hilfe des bösen Rasputin ein Tor zur Hölle zu öffnen und sieben Götter des Chaos zu ihren Gunsten auf die Erde loszulassen. Eine amerikanische Geheimorganisation unter der Leitung von Professor "Broom" Bruttenholm kann dies verhindern, doch durch das unfertige Tor fällt ihnen ein noch junger Dämon, genannt "Hellboy" in die Hände. Broom erzieht ihn zum Kampf gegen das Böse und in unserer Zeit hat er es sich auf der guten Seite recht gemütlich gemacht, ist sogar heimlich verliebt in die pyrokinetische Liz. Als Rasputin jedoch sich anschickt, seinen Plan zu vollenden, mobilisiert die Organisation alle Kräfte und Hellboy ist mittendrin.