400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.

In Berlin im Jahre 2030 wird der junge Tim Burdenski schwer verletzt auf dem Gendarmenmarkt aufgefunden. Nach einem Notruf durch eine Taxifahrerin wird er in ein Krankenhaus eingeliefert, stirbt aber er trotz einer verspätet eingeleiteten Notoperation. Die Journalistin Lena Bach beginnt zu recherchieren, da der 30-Jährige als eines von zehn sogenannten "Millenniumskindern" seit seiner Geburt am 1. Januar 2000 in einer Langzeitdokumentation von einem Fernsehteam begleitet wird. Alle entstammen der Mittelschicht.

Auf einer kurz vor dem Verkauf stehenden Bohrinsel mitten in der Nordsee kommt es zu einem Zwischenfall, den die ehrgeizige Managerin der Ölfirma um jeden Preis vertuschen muss. Kurz darauf werden im Krankenhaus eines nahe gelegenen Seebades zahlreiche Badegäste mit mysteriösen Symptomen eingeliefert. Als es den ersten Todesfall gibt, wird Peter Kranz vom Umweltministerium eingeschaltet. Zusammen mit der Krankenhausärztin Eva Meinert, deren Tochter seit dem Bad in der Nordsee vermisst wird, und dem Meeresbiologen Finn findet Peter heraus, dass sich epidemieartig verbreitende Mikroorganismen für die bedrohlich wachsenden Krankheits- und Todesfälle verantwortlich sind. Die Spur führt die drei zur havarierten Bohrinsel, wo sie Zeugen eines beängstigenden Naturschauspiels werden...

400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.