Als Captain Amazing, der legendäre Superheld von Champion City, in die Hände des wahnsinnigen Casanova Frankenstein und seiner discotanzenden Spießgesellen fällt, können unsere hoffnungsvollen Superhelden endlich zeigen, was in ihnen steckt. Sie sind die Mystery Men, ein bunt zusammengewürfeltes Team von Möchtegern-Superhelden bestehend aus: Mr. Furious, der seine Kraft aus seiner unbändigen Wut bezieht, Shoveler, ein Vater, der besser schaufelt als jeder andere, Blue Raja, ein gabelwerfendes Muttersöhnchen, Bowler, in deren Verbrechensbekämpfungsmethoden der Schädel ihres Vaters eine tragende Rolle spielt, Spleen, dessen Macht in seinen Blähungen liegt, Invisible Boy, der nur sichtbar ist, wenn gerade niemand hinschaut, und Sphinx, ein Klischees versprühender Philosoph. Mit seinen haarsträubenden Abenteuern, seiner unglaublichen Besetzung und seinem alternativen Humor ist "Mystery Men" so unwiderstehlich komisch, dass einmal Ansehen längst nicht genügt.

Im Mittelpunkt des Film stehen zwei Soldaten, Luc Deveraux und Andrew Scott, welche sich gegenseitig während des Vietnamkrieges erschießen, nachdem Scott Amok gelaufen war. 23 Jahre später werden beide im Rahmen des streng geheimen Universal-Soldier-Programms wieder zum Leben erweckt; ihre Körper wurden nach ihrem Tod auf Eis gelegt und nun gentechnisch regeneriert. Eigentlich ohne eigenen Willen, beginnt Deveraux sich an seine Vergangenheit zu erinnern und versucht nun, seinem Dasein als Killermaschine innerhalb des Universal-Soldier-Programms zu entfliehen. Mit Hilfe der Reporterin Veronica Roberts kann er entkommen, wird jedoch von den anderen Soldaten seiner Einheit verfolgt. Schließlich kommt es zum Showdown zwischen Deveraux und Scott, da letzterer sich schließlich auch an die Vergangenheit erinnern kann und eine Rechnung zu begleichen hat.