Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.

In einer Kleinstadt in Oregon entdeckt Joe Vossimer eines Tages mysteriöse Kornkreise auf seinen Feldern. Als Joes Cousin Layne seine fünf College-Kumpel und Sheriff Willingham diese Zeichen mit eigenen Augen sehen, lösen die Symbole eine unvorstellbare Panik in ihnen aus - ein Gefühl, das alles bisher Erlebte übersteigt. Den Männern wird bewusst, dass die Kreise keine unschuldigen Zeichen, sondern eine außerirdische, tödliche Warnung bedeuten. Verzweifelt versuchen sie dem mörderischen Zorn der Aliens zu entkommen!