Der junge Ägyptologe Dr. Daniel Jackson genießt in Fachkreisen nicht gerade hohes Ansehen und wird von seinen Kollegen für seine Vermutung die ägyptischen Pyramiden seien erheblich älter als bisher angenommen belächelt. Eines Tages bittet das US-Militär Jackson um Hilfe. Im Jahr 1928 wurde in Ägypten ein geheimnisvolles Artefakt geborgen dessen Schrift der junge Wissenschaftler übersetzen soll. Seine Analyse der Inschrift, die bis dahin für nicht übersetzbar gehalten wurde ergibt dass es sich um ein "Sternentor" handelt mit dessen Hilfe eine Verbindung zu einem fernen Planeten hergestellt werden kann. General West rekrutiert Colonel O'Neill, der zusammen mit Jackson und einigen Soldaten durch das Tor gehen soll, um die fremde Welt zu erkunden.

Am Ende des ersten Teils hatten sich Surfer und Bar-Besitzer Fin und seine Ex-Frau April miteinander versöhnt. Nun brechen sie zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre alte Highschool-Freundin Skye zu besuchen. Was ein netter Ausflug sein sollte, nimmt bald eine beunruhigende Wende, denn die Ereignisse überschlagen sich erneut. Wiederum legt sich ein bizarrer Wirbelsturm über die Stadt: Es handelt sich um einen Sharknado. Das ungewöhnliche Wettersystem hatte dafür gesorgt, dass der Sturm an der Küste einen Haischwarm aufgesaugt hatte, die nun um die Freiheitsstatue ebenso wie über den Broadway tänzeln. Natürlich lassen sich die Sharknado-Experten dies nicht bieten, sondern gehen sogleich in die Offensive, indem sie dem Sturm mit Kettensägen und selbstgebauten Bomben trotzen.