Die NASA treibt die Erforschung des Weltraums voran und schickt immer wieder Astronauten ins All. Die letzte Raumkapsel, die zur Erde zurückkehrt, ist jedoch leer, von der Besatzung fehlt jede Spur. In der Nähe des Landeplatzes sind gerade einige Höhlenforscher dabei, die hiesige Unterwelt zu erkunden. Sie entdecken einen seltsamen Stein und nehmen ihn mit. Dass es sich dabei nicht um ein Stück Fels, sondern um eine außerirdische Lebensform handelt, merken sie erst im Laufe der Expedition, als sie tief im Inneren des Berges sind ... doch dann ist es schon zu spät - das Monster tötet fast alle Mitglieder der Expedition. Für die Überlebenden beginnt ein Wettlauf um Leben und Tod, denn der Killer aus dem All ist bereits auf dem Weg zur nächsten Stadt ...

Der von Alex Harris entwickelte Supercomputer Proteus erweist sich als überaus intelligent und entwickelt bald einen eigenen Willen, der nicht mehr unbedingt dem seines Schöpfers folgt. Nachdem er die Kontrolle über Harris' computergesteuertes Haus erlangt hat, hält er dort dessen Ehefrau Susan gefangen. Mit ihr hat er etwas Besonderes vor: Er will sie schwängern, damit sie einem hybriden Computermenschen das Leben schenkt.

Die hartgesottenen Umweltschützer Kate und Joe werden Zeuge des riesigen Wachstums eines gewaltigen Wurzelsystems, das sich wie ein Erdbeben durch das Land bewegt. Zeitgleich kontaktiert Staatsagent Jack Taylor die Pflanzenexpertin Jocelyn Snow, die herausfindet, dass ihr Ex-Kollege Frame Marco wahrscheinlich die Quelle der altertümlichen Saat ist, die das ganze ökologische Desaster überhaupt erst ausgelöst hat. Unter der ansteigenden Bedrohung durch massive Tsunamis soll das gewaltige Wurzelsystem unter dem Ozean begraben werden. Das Team macht sich auf, Frame in seinem Unterschlupf zu konfrontieren, um dann zum Ort zurückzukehren, wo alles begann - mit der Hoffnung, dass Jocelyn die ursprüngliche Wurzel ausschalten und das Disaster zu einem Ende bringen kann.