Spock ist tot! Die Stimmung unter seinen früheren Freunden ist entsprechend gedrückt. Auch Pille nimmt sich den Tod seines liebsten Diskussionspartners schwer zu Herzen, trotzdem verwundert es Kirk sehr, als er ihn in Spocks Kabine ertappt und ausgerechnet er sich genauso wie der tote Vulkanier benimmt. Kirk erfährt von Spocks Vater Sarek, dass Spock versucht haben muss, vor seinem Tod seinen Geist in jemand anderes zu übertragen - in McCoy? Tatsächlich finden Saavik und Kirks Sohn David Marcus, die beide auf dem Planeten Genesis zurückgeblieben sind, Spocks leeren Sarg und entdecken in der Nähe ein vulkanisches Kind ohne Gedächtnis, das rasant heranwächst...

Nachdem die Explosion eines klingonischen Mondes das Imperium in die Knie zwingt, liegt das fremdartige Konzept eines Friedens mit der Föderation in greifbarer Nähe. Ironischerweise soll gerade Admiral James T. Kirk als Botschafter den Frieden aushandeln. Alle Hoffnungen werden jedoch zunichte gemacht, als die Crew der U.S.S. Enterprise beschuldigt wird, einen klingonischen Diplomaten ermordet zu haben. Stattdessen stehen beide Seiten vor einem alles vernichtenden Krieg...

Ohne es zu wissen, landet Chekov auf dem Planeten, auf den Kirk einst Khan verbannte. Der zwingt den Russen, seinen Ex-Captain herzulocken. Zugleich hat Khan es auf das Projekt Genesis abgesehen, das Kirks einstige Liebe Dr. Marcus zusammen mit ihrem gemeinsamen Sohn leitet. Es soll die Schöpfung fruchtbarer Welten auf öden Planeten ermöglichen. Als Kirk mit einer Enterprise voller Neulinge eintrifft, greift ein Föderationsschiff an. Khan führt dort das Kommando...

Weil seine friedliche Agrarkolonie von dem Weltraumfinsterling Sador bedroht wird, flieht der junge Shad in einem Raumschiff und macht sich auf die Suche nach Söldnern, die Sador Widerstand entgegensetzen können. Auf diese Art und Weise bekommt er sechs Heroen zusammen, die sich tatsächlich auf dieses Himmelfahrtskommando einlassen. Zu siebt reisen sie dem Schurken entgegen...

Investor Michael wird plötzlich durch einen Zeitspalt in das Jahr 1943 katapultiert, mitten hinein in die blutige Schlacht um Leningrad. Umgeben von 200.000 kämpfenden Soldaten, die versuchen den Ring um die belagerte Stadt zu durchbrechen, muss Michael einen seiner Vorfahren finden, um wieder in seine Welt zurückzukommen.