Ein Cyborg aus der Zukunft wird auf eine tödliche Mission in die heutige Gegenwart geschickt. Er soll Sarah Connor töten, eine junge Frau, die eine entscheidende Rolle für die Zukunft der Menschheit spielen wird. Sie hat nur eine Chance, Kyle Reese, ein Freiheitskämpfer, der ebenfalls aus der Zukunft kommt.

FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau ...

Nachdem er bei einem biochemischen Experiment so stark verstrahlt wurde, dass er sich, wann immer er gereizt oder wütend wird, in das grüne Monstrum Hulk verwandelt, lebt der Wissenschaftler Bruce Banner ein zurückgezogenes Leben im brasilianischen Exil. Dorthin hat es ihn auf der Flucht vor dem Militärgeneral Ross verschlagen, der alles unternimmt, um den ehemaligen Freund seiner Tochter Betty für seine Zwecke zu missbrauchen. Während sich für Banner die Uhr rückwärts dreht, er nach einem Gegenmittel für die Mutation forscht und seine Wut unter Kontrolle zu bringen versucht, unterläuft ihm ein Missgeschick: General Ross gelingt es, Banner ausfindig zu machen. Auf der Flucht vor dem Militär und dem ehrgeizigen Soldaten Blonsky sucht er Zuflucht bei Betty, die ihm dabei hilft, die unfreiwilligen Superkräfte zu kontrollieren. Blonsky hat sich Banners einstige Formel zueigen gemacht und ist zur Kampfbestie Abomination mutiert.

Weil ihm der Stress in der Notaufnahme seiner Klinik immer mehr zu schaffen macht, nimmt sich Dr. Cahill eine mehrmonatige Auszeit und versucht, auf einer kleinen Insel vor Maine wieder zu sich zu finden. Sofort gelingt es ihm, es sich mit den Einwohnern zu verscherzen, so dass seinen Warnungen auch keine große Aufmerksamkeit geschenkt wird, als eine von Killerkakerlaken zerstümmelte Leiche angeschwemmt wird. Dafür muss so mancher der Einwohner bezahlen...

Die Film beginnt mit kurzen Ausschnitten aus H. G. Wells War of the Worlds, wobei der Astronom George Herbert, die Hauptfigur des Films, eine Einführung spricht, in der er unter anderem die erste Invasion und deren Folgen erklärt. Anschließend wird gezeigt, wie zwei Jahre später wieder einige Tripoden, Kampfmaschinen der Marsianer, in einer kleinen Stadt landen und einige Menschen entführen. Danach werden George und Alex Herbert gezeigt, die in einer aus Müll zusammengebauten Hütte leben. Der Astronom George wird zu einem Stützpunkt der US-amerikanischen Armee gebeten, wo ihm eine neu aufgebaute Raumflotte gezeigt wird, die aus teilweise automatisch gesteuerten, auch für die Raumfahrt geeigneten Lockheed Martin F-22 Düsenjets mit optionalem Raketenantrieb besteht und auf marsianischer Technik basiert.