Die Ausreißerin Rogue, die aufgrund ihrer wachsenden Mutantenkräfte, nämlich die Fähigkeit, durch Berührung die Persönlichkeiten, Erinnerungen und Kräfte anderer Menschen kurzzeitig zu absorbieren, von zu Hause weggelaufen ist, trifft bei ihrer Flucht in Kanada auf den Einzelgänger Logan, der geschärfte Sinne und die Fähigkeit besitzt, eigene Verletzungen in Sekunden zu heilen. Dazu ist sein Skelett vollständig mit einem schier unzerstörbarem Metall (Adamantium) überzogen und mit sechs ausfahrbaren Klauen bewaffnet; Logan kann sich aber nicht erinnern, wann und wo sein Skelett derart behandelt worden ist, noch hat er irgendeine Erinnerung an seine eigene Vergangenheit.

Während eines bemannten Raumfluges zum Mars wird ein Astronaut mit Alien-DNA infiziert. Zurück auf der Erde kann er entkommen und verschwindet mit dem Ziel, seine Spezies zu verbreiten. Einige Leute des Teams, das im ersten Teil die Schleimbraut erschaffen hat, wiederholen das damalige Experiment, und schicken die neue Sil los, um ihr männliches Gegenstück zu jagen.

Wissenschaftler des SETI-Instituts, einer amerikanischen Einrichtung zur Erforschung von Signalen aus dem Weltraum, empfangen eine Art DNA-Bauanleitung. Sie sollten es eigentlich besser wissen, aber im Sinne der Wissenschaft probieren sie die Instruktionen natürlich aus. Zuerst entwickelt sich nur ein unscheinbares kleines Mädchen, doch schon bald wird klar, daß das Kind übermenschliche Kräfte hat. Doch alle Erkenntnis und Reue kommen zu spät, denn das Wesen kann fliehen, und es wird ein Team von "Spezialisten"? angeheuert, die es unschädlich machen soll.

Im andauernden Krieg der Menschen gegen die Bugs gerät eine mobile Infanterieeinheit auf dem Planeten Angel Zulu in einen Hinterhalt und muss sich in einen verlassenen Außenposten der Föderation zurückziehen. Dort treffen sie auf Captain Dax, der zwar nicht gerade für seinen Respekt gegenüber Offizieren bekannt ist, aber große Erfahrung im Kampf gegen die Aliens hat. Mit seiner Hilfe gelingt es, die Verteidigungsanlage wieder in Gang zu bringen. Doch die Ruhe ist nur von kurzer Dauer, eine neue Gefahr droht... von innen!

Sie sind das nächste Glied in der Evolutionskette. Jeder von ihnen kam mit einer einzigartigen genetischen Mutation auf die Welt, jeder mit einer anderen außergewöhnlichen Fähigkeit, die sich erstmals in der Jugend zeigt.In einer zunehmend von Vorurteilen und Hass beherrschten Welt interessieren sie jedoch nur als wissenschaftliche Kuriositäten ... als Launen der Natur ... als Ausgestoßene, gefürchtet und verachtet, weil Andersartigkeit nicht akzeptiert wird.Trotz der weit verbreiteten Ignoranz der Gesellschaft schaffen es die X-Men, und mit ihnen weltweit Tausende anderer Mutanten zu überleben. Unter den Fittichen des mächtigsten Telepathen der Welt, Professor Charles Xavier, lernen diese "begabten" Studenten, ihre Kräfte zu kontrollieren und sie zum Vorteil der Menschheit einzusetzen. Sie kämpfen für den Schutz einer Welt, die sie fürchtet.