Agent J muss die Erde wieder vor einigem Abschaum bewahren, denn in Gestalt des verführerischen Dessous-Models Serleena will ein Alien den Planeten unterjochen. Dabei benötigt J die Hilfe seines alten Partners Agent K. Der wurde aber bei seiner "Entlassung"? geblitzdingst, und so muß J seine Erinnerung erst mal etwas auffrischen bevor es auf die Jagd gehen kann.

Die Erde in nicht allzuferner Zukunft: Genetische Defekte können inzwischen schon bei der Geburt festgestellt werden, ebenso wie die voraussichtliche Lebenszeit des Neugeborenen. Wer genetisch nicht einwandfrei ist, wird zum Menschen zweiter Klasse ohne Chance auf sozialen Aufstieg, da sich die Mühe nicht lohnt. Vincent Freeman ist einer dieser Unglücklichen, der nur einen Traum hat: einmal für die Gattaca Corp. eine Arbeitsstelle im Weltraum antreten zu können. Um die Vorschriften zu umgehen, nimmt er die Identität eines begabten jungen Mannes an, den ein Unfall aller Chancen beraubt hat. Mit dessen Hilfe erträgt er chirurgische Eingriffe, um die Täuschung perfekt zu machen, immer in Angst, ein verlorenes Haar, eine Hautschuppe oder ein plötzlicher Urintest könnte die Wahrheit ans Licht bringen. Als er seinem Ziel immer näher kommt, verliebt er sich in seine Kollegin Irene.

Wie schon im ersten Teil geht es erneut um unerwünschte Besucher aus dem All. Die Aliens befinden sich noch immer auf der Erde. Ein Forscher und eine Reporterin versuchen die Invasion aus dem All mit allen Mitteln zu stoppen und geraten dadurch selbst zur Zielscheibe. Durch Zufall geraten die beiden in Besitz einer außerirdischen Kugel, welche ihnen den Eintritt in die versteckte Station der Aliens zeigt.

Der NASA-Mitarbeiter Ziminski hört eines Tages an seinem Arbeitsplatz außerirdische Geräusche aus dem All. Als er seinen Chef davon in Kenntnis setzt, erhält er seine Entlassung. Nachdem dann noch sein Partner ermordet wird, ahnt Ziminski, dass etwas faul ist. Mit Hilfe seines eigenen Equipments verfolgt er das Signal bis nach Mexiko und macht dort eine ungeheure Entdeckung...

Als Dr. Emmett Brown im Jahre 1955 bei einem Landeversuch mit dem DeLorean vom Blitz getroffen wird, katapultiert ihn die Zeitmaschine in das Jahr 1885. Sofort schreibt er Marty McFly einen Brief, in dem er seinen Freund darüber unterrichtet, dass es ihm gut gehe und er seinen Lebensabend gern in dieser Epoche verbringen würde. Dank des zuverlässigen Postsystems erreicht der Brief Marty 70 Jahre später direkt nachdem dieser mit ansehen musste, wie die Zeitmaschine im bewölkten Nachthimmel von Hill Valley verschwand. Kurz darauf findet Marty allerdings heraus, dass der schrullige Wissenschaftler eine Woche nach seiner Ankunft im Wilden Westen erschossen wird. Um dies zu vereiteln, begibt er sich kurzerhand selbst auf die Reise in das Jahr 1885.