Allein im Weltraum: Die junge Helena lebt isoliert auf einem interplanetaren Kolonialschiff. Nachdem ihre Eltern das Raumschiff aufgrund von technischen Problemen vor drei Jahren verlassen haben, hatte Helena keinen menschlichen Kontakt mehr. Als eine Raumstation auf ihrem Weg das Notsignal empfängt, naht Rettung in Gestalt des jungen Technikers Alex. Zwei Tage bleiben der jungen Frau nun, ihr Defizit an menschlicher Interaktion auszugleichen, bevor sie wieder alleine ist. Doch der Abschied von Alex ist noch längst nicht das Ende. Und Realität nicht immer das, was sie zu sein scheint...

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.