Auf dem Planeten Baab ist der Astronaut Scorch Supernova ein gefeierter Held. Bei seinen waghalsigen Abenteuern steht ihm sein Bruder Gary zur Seite, der sich jedoch lieber an die Vorschriften hält, als sich Hals über Kopf in die Gefahr zu stürzen. Als von einem fernen Planeten SOS-Zeichen gesendet werden, zögert Scorch keine Sekunde - und tappt direkt in die Falle seines Widersachers Shanker. Jetzt bleibt Gary nichts anderes übrig, als selbst aktiv zu werden.

Es soll lediglich eine Eskorte gefährlicher Sprengköpfe sein, die alles zerstörende Nano-Roboter beinhalten, doch für Captain Hauser und seinen Armeekollegen Weems kommt die Terrororganisation Cobra in die Quere, die nach der Weltherrschaft greift. Die brandgefährliche Baroness versucht im Auftrag des gemeingefährlichen "Doctor", die Sprengköpfe als Druckmittel in die Finger zu bekommen, als eine Spezialeinheit namens "G.I.Joe" unter der Führung von General Clayton "Hawk" Abernathy in letzter Minute eingreift. Einmal in Kontakt mit der Gruppe sehen Hauser und Weems in der mit neuester Kampftechnik ausgestatteten Gruppe eine ganz große Chance und bemühen sich um Beitritt zur Eliteeinheit...