Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Die Ausreißerin Rogue, die aufgrund ihrer wachsenden Mutantenkräfte, nämlich die Fähigkeit, durch Berührung die Persönlichkeiten, Erinnerungen und Kräfte anderer Menschen kurzzeitig zu absorbieren, von zu Hause weggelaufen ist, trifft bei ihrer Flucht in Kanada auf den Einzelgänger Logan, der geschärfte Sinne und die Fähigkeit besitzt, eigene Verletzungen in Sekunden zu heilen. Dazu ist sein Skelett vollständig mit einem schier unzerstörbarem Metall (Adamantium) überzogen und mit sechs ausfahrbaren Klauen bewaffnet; Logan kann sich aber nicht erinnern, wann und wo sein Skelett derart behandelt worden ist, noch hat er irgendeine Erinnerung an seine eigene Vergangenheit.

Die Familie Duncan könnte glücklicher nicht sein. Vater Paul bekommt eine besser bezahlte Lehrerstelle in der Vorstadt angeboten und seine Frau Jessie ist als Fotografin beruflich erfolgreich. Ihr größtes Glück ist jedoch Sohn Adam, der gerade seinen achten Geburtstag feiert. Doch dann soll das Schicksal hart zuschlagen: Adam kommt bei einem tragischen Unfall ums Leben, der kleine Junge wird von einem Auto überfahren. Ohnmächtig vor Schmerz können die Duncans den Verlust kaum ertragen. Nach der Beerdigung taucht ein ehemaliger Universitäts-Professor von Jessie auf. Richard Wells macht Paul und Jessie ein unmoralisches Angebot. Er ist ein führender Experte auf dem Gebiet der Klonforschung und bietet den beiden an, ihren Sohn Adam zu klonen.

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

Die Ausreißerin Rogue, die aufgrund ihrer wachsenden Mutantenkräfte, nämlich die Fähigkeit, durch Berührung die Persönlichkeiten, Erinnerungen und Kräfte anderer Menschen kurzzeitig zu absorbieren, von zu Hause weggelaufen ist, trifft bei ihrer Flucht in Kanada auf den Einzelgänger Logan, der geschärfte Sinne und die Fähigkeit besitzt, eigene Verletzungen in Sekunden zu heilen. Dazu ist sein Skelett vollständig mit einem schier unzerstörbarem Metall (Adamantium) überzogen und mit sechs ausfahrbaren Klauen bewaffnet; Logan kann sich aber nicht erinnern, wann und wo sein Skelett derart behandelt worden ist, noch hat er irgendeine Erinnerung an seine eigene Vergangenheit.