Am Ende des ersten Teils hatten sich Surfer und Bar-Besitzer Fin und seine Ex-Frau April miteinander versöhnt. Nun brechen sie zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre alte Highschool-Freundin Skye zu besuchen. Was ein netter Ausflug sein sollte, nimmt bald eine beunruhigende Wende, denn die Ereignisse überschlagen sich erneut. Wiederum legt sich ein bizarrer Wirbelsturm über die Stadt: Es handelt sich um einen Sharknado. Das ungewöhnliche Wettersystem hatte dafür gesorgt, dass der Sturm an der Küste einen Haischwarm aufgesaugt hatte, die nun um die Freiheitsstatue ebenso wie über den Broadway tänzeln. Natürlich lassen sich die Sharknado-Experten dies nicht bieten, sondern gehen sogleich in die Offensive, indem sie dem Sturm mit Kettensägen und selbstgebauten Bomben trotzen.

Elizabeth Barnes ist die Neue im Team des geheimnisumwitterten Dr. Walton. Der forscht mit seinen Mitarbeitern in einem hermetisch abgeriegelten Labor an einem universellen Wundheilungsserum und macht dazu auch vor Experimenten an lebenden Menschen keinen Halt. Elizabeth trägt mit ihren Leistungen erheblich zum Gelingen des Projektes bei, entwickelt jedoch Skrupel, als sie sieht, dass die Angelegenheit in eine moralisch fragwürdige Richtung driftet. Da aber ist es für Flucht bereits zu spät, und Frankensteins Monster hat sich in sie verliebt.