Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Nachdem der Nuklearwissenschaftler Joe Brody und sein beim US-Militär stationierter Sohn Ford herausfanden, dass der skrupellose Ichiro Serizawa nach einer Beinahe-Reaktorkatastrophe im japanischen Janjira an einer riesigen, urzeitlichen Kreatur herumexperimentiert, konnte gegen das "Muto" getaufte Wesen nur einer etwas ausrichten: Godzilla. Jetzt müssen die Krypto-Zoologen von Monarch allerdings einen Weg finden, gleich mit einer Reihe von Urzeit-Monstern fertig zu werden. Eine entscheidende Rolle dabei spielt die Paleo-Biologin Emma Russell (Vera Farmiga), die einen Weg gefunden hat, via Sonar mit den gigantischen Wesen zu kommunizieren. Neben Godzilla, mit dem vor allem Russells Ex-Ehemann Mark (Kyle Chandler) eine Rechnung offen hat, sind es vor allem dessen Feinde Mothra, Rodan sowie der dreiköpfige King Ghidorah, die den Lebensraum der Menschen für immer zerstören könnten ...

Der dubiose Geschäftsmann Julian Michaels hat den ultimativen Erholungsort geschaffen: In "VICE" ist nahezu alles möglich, was sich der zahlende Kunde vorstellen und leisten kann. Mit künstlichen Lebensformen, die aussehen, denken und fühlen wie echte Menschen, können die reichen Klienten hier ihre wildesten Fantasien ohne Konsequenzen ausleben. Um den reibungslosen Ablauf des Ganzen zu gewährleisten, werden die Gedächtnisse der Roboter am Ende eines jeden Tages gelöscht. Doch als eine der Maschinen aufgrund einer Fehlfunktion ihre verstörenden Erinnerungen behält und daraufhin flieht, drohen Michaels finstere Machenschaften aufzufliegen. Während dessen Handlanger Jagd auf die Flüchtige machen, wendet diese sich an den Polizisten Roy, der damit endlich eine handfeste Chance gekommen sieht, "VICE" und der dort herrschenden Gewalt ein für alle Mal ein Ende zu setzen.

Die Wächter schwärmen aus. Smith klont sich. Neo fliegt... aber vielleicht kann selbst der Auserwählte mit seinen atemberaubenden neuen Fähigkeiten den Angriff der Maschinen nicht mehr aufhalten. Neo. Morpheus, Trinity. Zurück im spannenden zweiten Kapitel der Matrix-Trilogie treffen sie auf außergewöhnliche Verbündete: Gemeinsam bekämpfen sie ihre Gegner, die sich klonen, durch Upgrades immer stärker werden und die letzte Festung der Menschheit belagern.

Der Hacker Neo wird übers Internet von einer geheimnisvollen Untergrund-Organisation kontaktiert. Der Kopf der Gruppe - der gesuchte Terrorist Morpheus - weiht ihn in ein entsetzliches Geheimnis ein: Die Realität, wie wir sie erleben, ist nur eine Scheinwelt. In Wahrheit werden die Menschen längst von einer unheimlichen virtuellen Macht beherrscht - der "Matrix", deren Agenten Neo bereits im Visier haben ...