Eigentlich möchte der Künstler Nathan und seine Frau mit ihren Kindern nur dem Lärm des 21. Jahrhunderts entgehen, als sie nach Neuengland ziehen. Stattdessen landet ein Meteorit in ihrem Garten und bringt alles durcheinander. Das Gestein leuchtet nicht nur lila-pink, sondern es verändert auch das Trinkwasser. Während die Pflanzen positive Effekte genießen, gelangt das Außerirdische auch in die Körper und Köpfe der Menschen.

Als der zunächst unscheinbar wirkende John die Bar betritt, ahnt der Barkeeper noch nicht, was nun auf ihn zukommt. John überredet ihn zu einer Wette und verspricht ihm, die außergewöhnlichste Geschichte auf Lager zu haben, die dem Barkeeper je zu Ohren gekommen ist. Der Wetteinsatz besteht aus einer Flasche Whiskey. Bereits bei den ersten Worten von John wird dem Barkeeper klar, das er verloren hat: "Als ich ein kleines Mädchen war..." Was nun folgt, ist die traumatische Geschichte von der Kindheit, Jugend und Erwachsenenzeit Johns als Jane, die nach einer Geschlechtsumwandlung zum verbitterten, einsamen John wurde. Der Barkeeper, der einst als Zeitreise Agent tätig war, bietet seinem Gegenüber an, den Menschen ungestraft zu töten, der sein Leben ruiniert hat.

Zehn Jahre nach einer Epidemie, die fast alle Frauen und Mädchen der Welt das Leben gekostet hat, muss ein Vater seine heranwachsende Tochter um jeden Preis beschützen. Er lässt sie wie einen Jungen aussehen, denn als Frau kann sie nie in Sicherheit sein. Als die beiden jedoch Begegnungen mit Menschen nicht mehr aus dem Weg gehen können, droht eine Katastrophe ...

Die Veröffentlichung eines "Heilmittels" für Mutanten schreckt die bisher friedlich mit den Menschen lebende Gesellschaft auf. Magneto nimmt das zum Anlaß einen Kriegszug gegen die Menschen zu führen, um endlich die Herrschaft zu erlangen. Doch die X-Men um Professor Xavier versuchen dem Treiben ein Ende zu bereiten, das Gleichgewicht und den Frieden wieder herzustellen.

Spacecom-Raumfahrt-Ingenieur Roy McBride ist ein glücklich verheirateter, leicht autistischer Einzelgänger, der es nie verwunden hat, dass sein Vater vor 20 Jahren zu einer mysteriösen Mission zum Neptun aufbrach, von der er nie zurückkehrte. Er wollte dort nach intelligentem, außerirdischen Leben suchen und hat dabei mit höchst gefährlichem Material experimentiert. Warum sein Vater nie zurückkehrte und ob er fand, wonach er suchte, möchte Roy nun endlich herausfinden: Er startet selbst in den Weltraum und stößt dabei auf Geheimnisse, die alles, was wir über die menschliche Existenz und unseren Platz im Universum zu wissen glaubten, in Frage stellen - denn die Experimente seines Vaters bedrohen das ganze Solarsystem. Eine "Welle"? ist entstanden, die zu gefährlichen Technikausfällen und Flugzeugabstürzen führt... Roy tritt mutig die Mission an, an deren Ende die Vernichtung der Arbeit seines verehrten Vaters stehen könnte.