Im Jahre 2027 hat die Menschheit die Zeugungskraft verloren und steuert in einem letzten anarchistischen Aufbäumen dem eigenen Aussterben entgegen. Mittendrin: Theo, einst idealistischer Kämpfer für eine bessere Welt, jetzt resignierter, angepasster Regierungsagent in einem mitleidslosen Wettlauf um die Macht auf den kriminellen Straßen. Sein neuer Auftrag ist anders als die anderen: Er soll die junge Kee beschützen. Auf Kee hat es die ganze Welt abgesehen. Denn Kee ist schwanger.

400 Jahre in der Zukunft, genauer im Jahre 2415, ist Æon Flux eine mysteriöse Attentäterin. Vier Jahrhunderte nach einem Virus, der fast die gesamte menschliche Rasse ausgelöscht hat, leben 5 Millionen Menschen in einer utopischen Stadt genannt Bregna. Æon kämpft um das Goodchild Regime zu vernichten, dass von ihrem Namensvetter und Herrschers von Bregna, Trevor Goodchild angeführt wird. Æon versucht Trevor Goodchild zu töten, doch kurz bevor offenbaren sich weitere Geheimnisse die entdeckt werden müssen und Verschwörungen die vereitelt werden müssen.