Die Vergangenheit droht Agent K einzuholen. Denn vor mittlerweile 40 Jahren hat er den gefährlichen Alien-Verbrecher Boris verhaftet, wobei dieser seinen Arm verlor. Seitdem sitzt Boris in einem geheimen Gefängnis am Mond und sinnt auf Rache. Doch mit Hilfe der hübschen Lilly gelingt Boris die Flucht und er macht sich rasch auf die Jagd nach K. Doch er will ihn nicht etwa einfach töten, sondern in die Vergangenheit reisen, K umbringen und gleichzeitig seinen Arm retten. Da K plötzlich wie vom Erdboden verschwunden ist und sich nur sein Partner Agent J an ihn erinnern kann scheint das unterfangen auch gelungen zu sein - doch J lässt das natürlich nicht auf sich sitzen, reist ebenfalls in die Vergangenheit und arbeitet mit dem jungen K zusammen um Boris aufzuhalten...

Nick Fury ist der Anführer der Organisation S.H.I.E.L.D., einer internationalen Friedensorganisation. Die Behörde ist ein Who's Who der Marvel Superhelden, mit Iron Man, Thor, Captain America, Hawkeye, dem Unglaublichen Hulk und Black Widow. Als die weltweite Sicherheit von Thors sinistrem Halbbruder Loki und seiner Schar bedroht wird, werden Nick Fury und sein Team all ihre Kräfte brauchen, um die Welt vor einer Katastrophe zu bewahren ...

Ein internationaler Flottenverband aus fünf Kriegsschiffen führt gerade eine Übung im pazifischen Ozean durch. Admiral Shane erblickt während eines Manövers ein metallenes Gebilde, das sich bei näherer Betrachtung als außerirdisches Raumschiff entpuppt, das aus dem Wasser ragt. Die Militärs reagieren mit großer Neugier auf das unbekannte Objekt. Als sich die ersten Offiziere dem gewaltigen Raumschiff nähern, erwecken sie es zum Leben. Admiral Shane und sein Schwiegersohn in spe, Alex Hopper, gehen auf Angriffskurs und stellen sich den ungebetenen Gästen in die Quere. Doch die entfesselte Seeschlacht ist nur der Anfang. Denn die Aliens, "Regents" genannt, wollen eine gewaltige Energiequelle auf dem Meer errichten - und die Menschheit scheint ihnen dabei im Weg zu stehen...