Jack Jones wollte eigentlich einen idyllischen Urlaub mit seiner Familie in Ägypten verbringen. Doch aufgrund massiver Erdbeben kommt es zu einer Katastrophe von globalem Ausmaß. Durch einen Riss in der tektonischen Platte wird das Wetter aus dem Gleichgewicht geworfen und der mittlere Osten von einer neuen Eiszeit bedroht. Statt brennend heißer Sonne beherrschen jetzt Schneestürme und Eismassen die Sahara. Die Temperaturen fallen in den kritischen Bereich und bei Einbruch der Dunkelheit ist draußen niemand mehr sicher. Ein Evakuierungscenter an der Küste des Roten Meeres scheint die einzige Hoffnung für alle Überlebenden zu sein. Um seine Familie zu beschützen, macht sich Jack auf den beschwerlichen Weg zum rettenden Posten. Kann er seine Familie in Sicherheit bringen, bevor die Welt komplett der neuen Eiszeit zum Opfer fällt?

Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.