Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.

Die Westküste der USA steuert auf eine der größten Naturkatastrophen ihrer Geschichte zu. Nur leider weiß niemand davon etwas. Ein harmloser Sturm, der als kleines Phänomen auf der Wetterkarte begann, hat sich unbemerkt zu einem tödlichen Supersturm entwickelt, der nun unaufhaltsam auf die Vereinigten Staaten zusteuert und der Hundertausende von Todesopfern fordern würde. Auf einer Bohrinsel ist die Wissenschaftlerin Dr. Jenna Sparks (Ming-Na) gerade dabei, ihrer forschenden Arbeit nachzugehen, als sie das Potential dieser entfesselten Naturgewalt erkennt. Doch da ist es schon fast zu spät und bevor die Besatzung der Bohrinsel die Menschen auf dem Festland warnen kann, muss sie versuchen, den Sturm auf der schwimmenden Insel lebend zu überstehen. Was bei einem mit Öl gefüllten und auf dem Meer treibenden Gegenstand höchst kompliziert ist...