In naher Zukunft hat die Menschheit gewaltige technologische Fortschritte gemacht, aber dennoch ist Major die erste ihrer Art: Sie wurde nach einem schrecklichen Unfall in einen Cyborg mit übermenschlichen Fähigkeiten verwandelt, eine perfekte Waffe im Kampf gegen gefährliche Kriminelle überall auf der Welt. Und so ist Major auch am besten geeignet, gemeinsam mit ihrer Elite-Einsatztruppe Sektion 9 den skrupellosen Cyber-Terroristen Kuze aufzuhalten, dem es gelungen ist, sich in den Verstand von Menschen zu hacken und diese zu kontrollieren. Doch während der Jagd auf Kuze macht sie eine furchtbare Entdeckung: Die Wissenschaftler, die ihr angeblich das Leben gerettet haben, haben ihr in Wahrheit ihr Leben weggenommen. Fortan begibt sich Major auf die Suche nach den Verantwortlichen, um zu verhindern, dass andere dasselbe Schicksal erleiden müssen, und sie versucht gleichzeitig herauszufinden, wer sie vor ihrem Leben als Cyborg war...

In der fernen Zukunft berichtet Dr. Samantha Unger, CEO der Firma "Europa Ventures", von einer gescheiterten Mission: Eine sechsköpfige Crew von internationalen Astronauten und genialen Wissenschaftlern wird im Jahr 2061 auf eine geheime Mission zum vierten Jupitermond mit dem Namen "Europa" geschickt, nachdem viele Jahre zuvor unter dessen Oberfläche Wasser entdeckt wurde. Dort sollen die Wissenschaftler in den Eisbrocken nach möglichen außerirdischen Lebensformen suchen. Nach einem Jahr verlieren sie durch einen technischen Unfall jeglichen Kontakt zur Erde. Das Team will die Mission jedoch zu Ende führen und zeichnet weiterhin den Fortschritt mit Kameras auf. Sie finden neue Nahrungsformen und das Wasser entpuppt sich tatsächlich als flüssig, wodurch all ihre Hoffnungen und ihre Mission erfüllt zu sein scheinen. Die Crew macht sich für die Rückkehr zur Erde bereit, doch plötzlich spielen die Lichtsensoren verrückt und die Bewegungsmelder im Wasser schlagen Alarm...