Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

Weil ihr Bus eine Panne hat, muss eine Gruppe Schüler samt ihrer Lehrer in einer verlassenen Stadt halt machen. Doch bald stellen sie fest, dass die Stadt gar nicht so verlassen ist. Eine Gruppe untoter Cowboys treibt ihr Unwesen und bringt die Jugendlichen einen nach dem anderen um.