Der 16-jährige Tom ist ein einfacher Teenager mit gewöhnlichen Sorgen und Problem. Als er jedoch versucht, einen Raubüberfall auf Lucy zu verhindern, auf die er heimlich steht, wird er angeschossen und erwacht aus dem Koma mit Splittern seines Smartphones im Gehirn, die die Ärzte nicht wieder entfernen können. Von nun an besitzt Tom ungewöhnliche neue Fähigkeiten: Er kann intuitiv Datenströme sehen und auswerten, allein aus Gedankenkraft online gehen und Anrufe abhören. Zum Einsatz kommen seine praktischen Cyborg-Fähigkeiten, als Tom beschließt, Lucy zu rächen und den Gangstern, die sie überfallen haben, als maskierter Rächer eine Lektion zu erteilen. Doch dadurch gelangt er ins Blickfeld eines Gangsterbosses...

Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.