Als Jungastronom Evan abends noch mal routinemäßig einen Blick durch das große Teleskop in den Nachthimmel wirft, entdeckt er zu seinem nicht geringen Entsetzen einen gewaltigen Meteoriten auf direktem Wege zur Erde. Zum Glück weiß Evan sofort, was in solchen Fällen zu tun ist, und setzt die Army davon in Kenntnis, das nunmehr nur noch eine Sache hilft: Die Erde aus ihrer Bahn zu schieben. Dafür bedarf es bloß einiger hundert...

Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück. Als er dieses mal wieder die Weltmeere unsicher macht und einen gigantischen Schaden vor der Küste Ägyptens anrichtet, hat dies weltweite Börsencrashs und Panik zur Folge. Doch die Navy hat aus den ersten Mega-Shark-Vorfällen gelernt und ist nun besser auf die Situation vorbereitet: Sie haben bereits ein spezielles U-Boot entwickelt, dass der Gestalt eines Hais ähnelt. Die Militärwissenschaftlerin Rosie will damit dem gigantischen Haifisch gegenübertreten und ihn besiegen. Jedoch konnte Rosie viele der Schwächen der neuartigen Maschine noch nicht rechtzeitig ausmerzen und der Mega Shark macht sich diese schon bald zu Nutzen.