Die junge Pilotin Sara plant einen letzten gemeinsamen Ausflug mit ihren Freunden, bevor sie nach Montreal umziehen wird. Anstatt jedoch mit dem Auto zu fahren, hat sie kurzerhand eine Cessna gechartert und ihren neuen, etwas merkwürdigen Freund Bruce ebenfalls eingeladen. Schon kurz nach dem Start kommt es zu einer technischen Fehlfunktion der Maschine. Doch das ist erst der Anfang: Der Treibstoff wird knapp, und die Stimmung unter den fünf Passagieren ist zum Zerreißen gespannt. Als letzten Ausweg wagt Cory den Versuch, in schwindelerregender Höhe von außen das Höhenruder zu reparieren. Doch in der unbekannten Höhe, außerhalb des Fliegers, sind andere übernatürliche Kräfte am Werk, die den Flug zu einem wahren Überlebenskampf machen.

Weil sein einst brillanter Vater Charles an Demenz leidet, beginnt der Wissenschaftler Will Rodman an Schimpansen zu experimentieren, um ein geeignetes Heilmittel gegen die Alzheimer-Krankheit zu finden. Eines der Tiere, das den Namen Caesar trägt, entwickelt sich durch die Einnahme der Medikamente sehr rapide. Um den hyperintelligenten Affen vor seinen zunehmend aggressiv werdenden Kollegen zu schützen, nimmt der Wissenschaftler seinen besonderen Probanden mit zu sich nach Hause und zieht ihn wie ein Familienmitglied groß. Als Charles einige Zeit später seiner Krankheit zum Opfer fällt, wird Caesar ebenfalls immer aggressiver. Aufgrund seines gewalttätigen Verhaltens wird der Primat in ein riesiges Käfigsystem mit anderen Schimpansen gesperrt. Dort zettelt Caesar einen Aufstand an - die Revolution der Affen.

In dieser Fortsetzung von "Alien Vs. Predator"? wird der Kampf der Ausserirdischen mitten in einer amerikanischen Kleinstadt ausgetragen. In den Hügeln von Colorado stürzt das Erkundungsschiff eines Predators ab, wobei Alien-Facehugger freigesetzt werden. Doch auch eine noch gefährlichere Kreatur tritt in Erscheinung: Ein Hybrid aus einem Alien und einem Predator. Selbst die herbeigerufene Nationalgarde sieht nur noch einen Ausweg: Die Auslöschung der Stadt mit einer nuklearen Bombe! Die unbedarften Bürger müssen sich gegen die übermächtigen Gegner verbünden, um wenigstens eine kleine Überlebenschance zu haben.