In einer amerikanischen Großstadt der nicht mehr allzu fernen Zukunft, wo alle Menschen alle Verrichtungen in der Nacht ausführen, wird das Auto des braven Bürgers Luke Gibson von Agenten eines Biotech-Konzerns von der Straße gerammt. Im Krankenhaus pflanzt man Gibson einen Chip ins Gehirn, der ihm jede Erinnerung raubt und ihn dafür allerhand Werbebotschaften sehen lässt. Als Gibson den Chip loswerden will, schickt ihm Konzernchef Hope seine Killerhorden auf den Hals. Doch Gibson findet Freunde unter lokalen Rebellen und schlägt zurück.

FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau ...