In naher Zukunft schützt ein abgekämpfter Logan einen gebrochenen Professor X in einem Versteck nahe der mexikanischen Grenze. Doch Logans Versuche, sich vor der Welt und seinem Vermächtnis zu verstecken, misslingen, als ein junger Mutant, von dunklen Kräften verfolgt, bei ihnen Zuflucht sucht.

Ein heißer Sommernachmittag im verschlafenen Städtchen Blackwater. Plötzlich zischt ein Meteor über den Himmel, crasht durch das Dach des Naturkundemuseums. Was die arglosen Einwohner Louisianas nicht ahnen: Mit ihm kommt ein die Gestalt veränderndes Lebewesen aus dem All und materialisiert sich in der erstbesten organischen Form, die es finden kann - einem im Eis konservierten, 40000 Jahre alten Mammut. Das Urtier erwacht zum Leben und bedroht die Stadt und ihre Einwohner. Den Special Agents Powers und Whitaker bleibt nur wenig Zeit, um das Urtier zu fangen. Unterstützt werden sie von Frank Abernathy, dem Kurator des Museums, der sein Lebenswerk zerstören muss, um seine Tochter zu schützen und der Bestie aus der Vergangenheit nicht die Zukunft des Landes zu opfern.