Der junge Professor Charles Xavier, in seinen Zwanzigern, mit üppiger Haarpracht und zu Beginn des Films noch nicht im Rollstuhl, studiert in Oxford und trifft auf den gleichaltrigen Erik Lensherr. Beide sind Mutanten mit außergewöhnlichen Fähigkeiten. Gemeinsam erdenken sie eine Zukunft, in der Mutanten und Menschen vereint leben können. Als das Wohl der Welt auf dem Spiel steht, kämpfen sie mit vereinten Kräften und der Hilfe von anderen Mutanten gegen die drohende Gefahr des Hellfire Clubs mit Emma Frost und Sebastian Shaw. Erst im Laufe dieses Kampfes werden die beiden zu den Todfeinden der vorherigen Filme.

Auf einer versteckten Insel befindet sich das Hauptquartier der "Thunderbirds", die stets immer dann helfend eingreifen, wenn die Welt in Gefahr ist. Hinter den Thunderbirds verstecken sich Jeff Tracy und seine fünf Kinder, die mit speziell aufgerüsteten Autos, Booten, Flugzeugen und anderen Technologien der Zukunft für die Erde streiten. Doch jetzt hat es Aristotle Spode alias "The Hood", ein gefürchtetes Verbrechergenie auf die Thunderbirds abgesehen. Mittels eines raffinierten Plans will er sie trennen, um die Insel ihrer Geheimnisse in seine Gewalt zu bringen ...