Der Kampfstern Galactica ist immer noch auf der Suche nach der Erde, als der Treibstoff für die Flotte allmählich knapp wird. Da paßt es gut, daß man den längst verloren geglaubten Kampfstern Pegasus unter dem Kommando des legendären Commander Cain (Lloyd Bridges) begegnet, der allerdings nur auf die Vernichtung der Cylonen aus ist. Als eine Treibstoffmission wegen Cains Eigenmächtigkeit scheitert, sehen sich die beiden Kampfsterne plötzlich einer Cylonenübermacht gegenüber...

In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully - nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt - versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation "Das Syndikat" die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran...