Die Kaiju, monströse außerirdische Kreaturen, erheben sich aus dem Meer und ziehen in einen Krieg gegen die Menschheit, der Unzählige das Leben kosten und die Reserven der Erde bis in alle Zeit aufbrauchen könnte. Um die Kaiju zu bekämpfen, wird eine spezielle Waffe hergestellt: Gigantische Roboter namens Jaeger, die durch zwei Piloten gesteuert werden, deren Gehirne durch eine neurale Brücke ebenfalls miteinander verknüpft werden. Jedoch scheinen selbst die ausgeklügeltsten Waffen an den übermächtigen Aliens zu scheitern. In ihrer Ratlosigkeit wenden sich die Streitkräfte der Erde an den abgehalfterten Ex-Piloten Raleigh Antrobus und seine unerfahrene Novizin Mako Mori, die ein scheinbar schlecht ausgerüstetes, älteres Modell der Jaeger gegen die Kaiju in den Kampf führen sollen. Die beiden werden zur letzten Hoffnung gegen die übermächtige apokalyptische Gewalt aus dem All.

Wir schreiben das späte 21. Jahrhundert. Überall auf der Welt wurden bei den unterschiedlichsten uralten Kulturen, wie den Azteken oder Mesopotamiern, Zeichnungen gefunden, die auf eine Art Sternenkarte hinweisen. Eine Gruppe von Wissenschaftlern unter Leitung von Dr. Elizabeth Shaw soll im Auftrag des Weyland-Konzerns, gegründet vom Visionär Peter Weyland, diesen Zeichen nachgehen, die Shaw als eine Art Einladung deutet. Die Mission, die von Meredith Vickers für den Weyland-Konzern organisiert und überwacht wird, führt das Team und die Crew von Captain Janek an den Rand des Universums und in eine Welt jenseits der Vorstellungskraft. Was sie schließlich finden, ist nicht nur die mögliche Wiege der Menschheit, sondern auch der wahrscheinliche Untergang der menschlichen Rasse.