Die Menschheit hat sich gerade von der großen Schlacht zwischen Autobots und Decepticons auf unserem Planeten erholt. Alle Transformers sind vom Antlitz der Erde verschwunden, doch geldgierige und mächtige Geschäftsmänner und Wissenschaftler hoffen von ihrer Hinterlassenschaft profitieren zu können. Sie experimentieren mit der Technologie der Transformers - weit über ein Maß hinaus, das sie kontrollieren können. Gleichzeitig hat ein alter und mächtiger Transformer von weit her, sein Augenmerk auf die Erde gerichtet, die er versklaven will. Ein neuer Kampf um die Freiheit der Menschen beginnt...

In den Vereinigten Staaten der Zukunft ist es verboten mehr als ein Baby zu bekommen. John und Karen Brennick versuchen aus diesem Grund über die Grenze nach Mexiko zu flüchten, denn: Karen ist mit ihrem zweiten Kind schwanger. Sie werden entdeckt und inhaftiert. Das Gefängnis ist eine, unter der Erde errichtete, hochmoderne Verwahrungsanstalt, in der die Gefangenen mit Lasern, Kameras, Gedankenscannern und anderen Methoden kontrolliert werden. Die Kinder, die in Gefangenschaft geboren werden, werden dem High-Tech-Unternehmen MenTel für die Erschaffung von Cyborgs zur Verfügung gestellt. John und Karen wollen diesem Schicksal entgehen und planen eine gewagte Flucht. Doch der sadistische Gefängnisdirektor Poe hat sein Auge auf die attraktive Karen geworfen, was die Flucht zusätzlich erschweren könnte.