Nach dem tragischen Unfalltod seiner geliebten Familie, versucht der Neurowissenschaftler Will Foster alles, um sie zurück ins Leben zu holen. Der brillante Forscher experimentiert schließlich schon lange damit, Teile des Gehirns von Menschen in Roboterkörper zu transferieren. Was eigentlich verwundeten Soldaten helfen sollte, könnte jetzt seine Familie retten. Unterstützt wird er von seinem Kollegen Ed, mit dessen Hilfe ihm sein (illegaler) Plan zu gelingen scheint. Doch bald stellt sich für Will eine schwierige Frage: Er hat nur drei neue Körper für seine tote Frau und ihre gemeinsamen drei Kinder. Er muss also entscheiden, wen er nicht retten wird...

Die Wächter schwärmen aus. Smith klont sich. Neo fliegt... aber vielleicht kann selbst der Auserwählte mit seinen atemberaubenden neuen Fähigkeiten den Angriff der Maschinen nicht mehr aufhalten. Neo. Morpheus, Trinity. Zurück im spannenden zweiten Kapitel der Matrix-Trilogie treffen sie auf außergewöhnliche Verbündete: Gemeinsam bekämpfen sie ihre Gegner, die sich klonen, durch Upgrades immer stärker werden und die letzte Festung der Menschheit belagern.

Der Hacker Neo wird übers Internet von einer geheimnisvollen Untergrund-Organisation kontaktiert. Der Kopf der Gruppe - der gesuchte Terrorist Morpheus - weiht ihn in ein entsetzliches Geheimnis ein: Die Realität, wie wir sie erleben, ist nur eine Scheinwelt. In Wahrheit werden die Menschen längst von einer unheimlichen virtuellen Macht beherrscht - der "Matrix", deren Agenten Neo bereits im Visier haben ...