In naher Zukunft schützt ein abgekämpfter Logan einen gebrochenen Professor X in einem Versteck nahe der mexikanischen Grenze. Doch Logans Versuche, sich vor der Welt und seinem Vermächtnis zu verstecken, misslingen, als ein junger Mutant, von dunklen Kräften verfolgt, bei ihnen Zuflucht sucht.

Die beiden verfeindeten Geschwister Beatrix und Ronan Carver müssen sich wohl oder übel wieder zusammenraufen, um das rätselhafte Verschwinden ihres Vaters aufzuklären. Mit der Hilfe ihres Nachbarn Harold stoßen sie bei ihren Recherchen auf ein offensichtlich verlassenes Hochhaus. Zufällig entdecken sie, dass das Gebäude das Tor in viele verschiedene Parallelwelten ist. Während ihrer Reisen treffen sie auf Polly, die bereits schon länger durch die Dimensionen springt ...