21 Jahre nach dem mysteriösen Verschwinden seines Vaters folgt Sam Flynn dem Lockruf eines Pagersignals und wird in die digitale Computerwelt des "Grid" hineingezogen. Dort hat Clu, das einst von seinem Vater geschaffene Programm, die Macht übernommen, dort verstecken sich auch Kevin Flynn und sein Protegé, das Programm Quorra. Nachdem Vater und Sohn sich wiedergefunden haben, verfolgen sie nur ein Ziel, wollen das Grid verlassen. Doch genau das will auch Clu, um seine Diktatur auf die Welt der User auszudehnen.

Mit unbändiger Kraft sucht sich heiße Lava den Weg aus dem Inneren der Erde. Der Geologe Dr. Jake Rollins vermutet einen Riß im Erdmantel und untersucht schon lange das Gelände um einen bestimmtem Vulkan, als er plötzlich von Regierungsbeamten in Gewahrsam genommen wird. Ganz offensichtlich wurde durch das geheime Regierungsprojekt Code "Project Deep" eine tödliche Kettenreaktion ausgelöst. Die Forscher sind nun auf eine Zusammenarbeit mit Jake angewiesen, um die Erde zu retten. Mit an Bord: Seine vor Jahren im Streit geschiedene Frau...