Nach den Ereignissen in dem Themenpark Jurassic World auf der Insel Isla Nublar können die Dinosaurier seit vier Jahren frei leben, bis ein Vulkanausbruch ihre Existenz bedroht. Die frühere Parkmanagerin Claire Dearing hat nun die Dinosaur Protection Group (DPG) gegründet - eine Organisation zum Schutz der Dinosaurier. Sie engagiert Owen Grady, einen ehemaligen Dinosaurier-Trainer, welcher beim Park gearbeitet hatte, um ihr zu helfen, die restlich verbliebenen Dinosaurier von der Insel zu retten. Owen will außerdem Blue ausfindig machen, die letzte Überlebende der vier Raptoren, die er einst trainiert und großgezogen hatte. Außerdem bricht ein neu geschaffener Gen-Hybrid namens Indoraptor aus.

Zwischen Mülltonnen entdeckt der desillusionierte Arbeiter John einen Karton mit Sonnenbrillen, durch die er Werbetafeln als manipulative Propaganda zum hemmungslosen Konsum und einige Mitbürger als skelettähnliche Aliens erkennen kann. Gemeinsam mit einer Gruppe Widerständler, die ebenfalls hinter diese außerirdische Invasion gekommen sind, nimmt John den bewaffneten Kampf auf und wird daraufhin als Terrorist gesucht. Nach wilden Verfolgungsjagden und heftigen Feuergefechten gelingt es ihm, in die Kommandozentrale der Außerirdischen einzudringen und die Maschine zu zerstören, die ihnen ihr menschliches Aussehen verleiht.