Die Wächter schwärmen aus. Smith klont sich. Neo fliegt... aber vielleicht kann selbst der Auserwählte mit seinen atemberaubenden neuen Fähigkeiten den Angriff der Maschinen nicht mehr aufhalten. Neo. Morpheus, Trinity. Zurück im spannenden zweiten Kapitel der Matrix-Trilogie treffen sie auf außergewöhnliche Verbündete: Gemeinsam bekämpfen sie ihre Gegner, die sich klonen, durch Upgrades immer stärker werden und die letzte Festung der Menschheit belagern.

In den Vereinigten Staaten der Zukunft ist es verboten mehr als ein Baby zu bekommen. John und Karen Brennick versuchen aus diesem Grund über die Grenze nach Mexiko zu flüchten, denn: Karen ist mit ihrem zweiten Kind schwanger. Sie werden entdeckt und inhaftiert. Das Gefängnis ist eine, unter der Erde errichtete, hochmoderne Verwahrungsanstalt, in der die Gefangenen mit Lasern, Kameras, Gedankenscannern und anderen Methoden kontrolliert werden. Die Kinder, die in Gefangenschaft geboren werden, werden dem High-Tech-Unternehmen MenTel für die Erschaffung von Cyborgs zur Verfügung gestellt. John und Karen wollen diesem Schicksal entgehen und planen eine gewagte Flucht. Doch der sadistische Gefängnisdirektor Poe hat sein Auge auf die attraktive Karen geworfen, was die Flucht zusätzlich erschweren könnte.