Die eigentlich recht wehrhafte Elite-Einheit G.I. Joe wird von einer höheren Instanz attackiert und soll vollständig ausgelöscht werden. Bei der perfide geplanten Liquidierungsaktion sterben viele Mitglieder der kampferprobten Elite-Einheit. Nur eine kleine Runde rund um Captain Duke Hauser, den zupackenden Roadblock und die verführerische Lady Jaye überleben den tödlichen Übergriff und gehen der Sache fortan auf den Grund. Unterstützung erhalten sie dabei von dem zwar etwas in die Jahre gekommenen, aber immer noch recht schlagfertigen General Joe Colton, seines Zeichens ehemaliger Gründer der Elite-Einheit G.I. Joe.

Nach einer Katastrophe, die fast alles Leben auf Erden ausgelöscht hat, bahnt sich im Jahr 2044 ein einsamer Wanderer seinen Weg auf zerstörten Freeways und durch kalte Ruinen. Die Umgebung ist feindselig, überall könnten marodierende Banden zuschlagen und ein Schluck Wasser oder ein paar Schuhe entscheiden, wer unter Jägern und Gejagten den nächsten Tag erlebt. Der Name des Wanderers ist Eli. Obwohl er nicht weiß, ob es tatsächlich irgendwo noch Hoffnung für die Zivilisation gibt, ist er unterwegs nach Westen. Im Gepäck ein mysteriöses Buch, das auch von anderen manisch begehrt und von Eli mit seinem Leben geschützt wird. In einer zerfallenen Stadt, in der das Gesetz des Stärkeren herrscht, trifft Eli auf den despotischen Carnegie, der seinem Geheimnis bald auf die Schliche kommt. Zwar kann sich Eli zunächst der Waffengewalt von Carnegies Schergen erwehren und mit Hilfe der jungen Solara flüchten.