Auf der Erde sind im 26. Jahrhundert 300 Jahre nach dem großen Krieg die gesellschaftlichen Systeme zerfallen. Bei seiner Suche nach Cyborg-Technologie rettet der mysteriöse Wissenschaftler Dr. Ido aus einem Schrotthaufen eine weibliche Cyborg. Er flickt die künstliche Frau, deren Körper bis auf ihr menschliches Gehirn aus Maschinenteilen besteht, wieder zusammen, und wird zu einer Art Ersatzvater für sie. Doch Alita ist ein gefährliches Wesen. Sie kann sich nicht erinnern, wer sie ist oder woher sie kommt. Dr. Ido jedoch glaubt, dass sie diejenige ist, die den Kreislauf von Tod und Zerstörung, der von Tiphares zurückgelassen wurde, durchbrechen kann. Um ihrer wahren Bestimmung zu folgen, muss Alita kämpfen und töten. Als ein Geschenk des Himmels ist sie doch auch ein Engel des Todes.

Außerirdische nisten sich in den Körpern der Lehrer der Herrington High School ein, um so als Brückenkopf für die bevorstehende Invasion zu dienen. Einzig sechs Schüler stellen sich der feindlichen Macht zum Kampf. Während die Schule nach und nach von den Aliens in Menschengestalt übernommen wird, sucht das Sextett verzweifelt nach deren drahtziehenden Königin. Doch auch die tapferen Kids sind nicht immun gegen die bösartige Infektion aus dem All. Schließlich weiß keiner mehr, wem er noch trauen kann. Das Ende der Welt scheint nahe...