Vier Jahre nach dem Desaster im Jurassic Park: Auf einer nahegelegenen Insel haben die Dinosaurier unbemerkt überlebt und können sich frei bewegen. Doch jetzt droht eine noch viel größere Gefahr - der Plan, die Dinosaurier einzufangen und auf das Festland zu bringen. John Hammond, der die Kontrolle über seine Gesellschaft "InGen" verloren hat, sieht die Chance, seine Fehler aus der Vergangenheit wiedergutzumachen und sendet eine Expedition, geleitet von Ian Malcolm, zur Insel, bevor der beauftragte Jagd-Trupp dort ankommt. Die zwei Gruppen stehen sich in extremer Gefahr gegenüber und müssen sich in einem Wettlauf gegen die Zeit zusammenschließen, um zu überleben...

Nachdem durch die randalierenden und genetisch veränderten Affen und den ausgebrochenen Virus die Weltbevölkerung drastisch reduziert wurde, versuchen einige wenige Überlebende ihr Dasein in San Francisco zu fristen. Aber auch bei den Affen ergeben sich Probleme. Der Anführer Caesar muss seine Machtposition in den eigenen Rängen behaupten. Mittlerweile hat er selbst eine Frau und ein Baby. Seinen Artgenossen hat er mittlerweile beigebracht, sich mithilfe einer Zeichenspracheuntereinander zu verständigen. Alles deutet darauf hin, dass der Waffenstillstand zwischen Affen und den überlebenden Menschen nicht von Dauer sein wird. Bald schon wird sich entscheiden, welche der beiden Spezies die Erde in Zukunft dominieren wird.