Es ist das Jahr 10191. Das Weltall ist von den Menschen besiedelt und der herrschende Imperator Shaddam IV überträgt die Lehnsherrschaft über den Wüstenplaneten Arrakis, genannt Dune, an den Herzog Leto Atreides. Einzig dort kann das begehrte Spice, eine bewusstseinserweiternde Droge, gewonnen werden. Durch diese wird den Navigatoren des Imperiums die Raumfahrt mit Überlichtgeschwindigkeit ermöglicht und die Lebenserwartung verlängert. Doch der Herzog hat viele Feinde. Einer davon ist der sadistische Baron Vladimir Harkonnen, der mit allen Mitteln versucht die Familie des Herzogs zu vernichten, um so erneut die Herrschaft über Arrakis zu übernehmen.

Sternzeit: 23. Jahrhundert. Als Ehrengast begleitet James T. Kirk, mittlerweile im Ruhestand, die Jungfernfahrt der neuen Enterprise B. Die Ereignisse überschlagen sich, als das Raumschiff in ein mysteriöses Energiefeld, dem Nexus, gerät. Bei dem waghalsigen Versuch, das Schiff zu retten, wird Kirk ins Weltall geschleudert. 78 Jahre später: Captain Luc Picard und die Crew der Enterprise D retten den Wissenschaftler Soran aus dem gleichen Energiefeld, das bereits der Enterprise B zum Verhängnis wurde. Doch Soran hat finstere Ziele, er plant die Zerstörung eines gesamten Sonnensystems. Picards letzte Hoffnung ist der Nexus...und ein legendärer Captain...

Captain Kirk, Spock und "Pille" McCoy machen gemütlich Urlaub auf der guten alten Erde; währenddessen geht auf der funkelnagelneuen Enterprise alles drunter und drüber, weil längst noch nicht alles funktioniert wie es soll. Mitten in dieses Chaos platzt ein verrückter Vulkanier namens Sybok, der die Enterprise entführt, um ins Zentrum des Universums vorzudringen. Sein Ziel heißt Shkari, der Planet der hinter den Grenzen liegt, die noch kein Sterblicher überschritten hat. Der fanatische Sybok glaubt fest daran, dass er auf Shakari dem Schöpfer allen Lebens gegenübertreten wird - Sybok sucht Gott. Für Kirk und Co. bedeutet dies der Anfang der erstaunlichsten Reise, die die Enterprise und ihre Besatzung jemals unternommen haben...

Obwohl sie als Abtrünnige gelten, kehrt die Mannschaft der U.S.S. Enterprise zur Erde zurück. Sie stellen sich der Anklagen für die Taten, die sie im Laufe von Spocks Rettung begangen haben. Während sie noch im Anflug sind, wird die Erde von einer außerirdischen Sonde verwüstet. Sie verlangt Antwort von einer Lebensform, die nicht länger existiert. Kirk und seine Crew begeben sich an Bord eines gekaperten klingonischen Bird of Prey auf eine Reise durch Raum und Zeit, um die Erde zu retten. Sie entdecken dabei die wahre Bedeutung von Freundschaft wieder.

Eine mysteriöse Wolke nähert sich der Erde und zerstört alles, was sich ihr in den Weg stellt. In Anbetracht der drohenden Gefahr entreißt Admiral Kirk dem jungen Captain der soeben renovierten Enterprise, Willard Decker, das Kommando und eilt zusammen mit seiner schnell wieder zusammengefügten alten Crew dem todbringenden Gebilde entgegen. Kirk und seine Crew erfahren, dass die Wolke V'ger heißt und auf der Erde ihren Schöpfer zu finden hofft. Im Alleingang findet Spock dank der vulkanischen Gedankenverschmelzung heraus, dass sich unter der Wolke eine komplexe Maschine verbirgt. Kirk gelingt es, V'ger zu überzeugen, ihn mit ein paar Getreuen in das Innere der Wolke zu lassen. Dort will er ihr Geheimnis lüften.