Als der zunächst unscheinbar wirkende John die Bar betritt, ahnt der Barkeeper noch nicht, was nun auf ihn zukommt. John überredet ihn zu einer Wette und verspricht ihm, die außergewöhnlichste Geschichte auf Lager zu haben, die dem Barkeeper je zu Ohren gekommen ist. Der Wetteinsatz besteht aus einer Flasche Whiskey. Bereits bei den ersten Worten von John wird dem Barkeeper klar, das er verloren hat: "Als ich ein kleines Mädchen war..." Was nun folgt, ist die traumatische Geschichte von der Kindheit, Jugend und Erwachsenenzeit Johns als Jane, die nach einer Geschlechtsumwandlung zum verbitterten, einsamen John wurde. Der Barkeeper, der einst als Zeitreise Agent tätig war, bietet seinem Gegenüber an, den Menschen ungestraft zu töten, der sein Leben ruiniert hat.

Die Crew der Enterprise wird nach Hause zurückbeordert, nur um festzustellen, dass eine unaufhaltsame Macht des Terrors aus den Reihen ihrer eigenen Organisation die Flotte und die Welt in einen Krisenzustand versetzt. Auch um eine persönliche Rechnung zu begleichen, macht sich Captain Kirk auf zu einer Jagd mitten in ein Kriegsgebiet, um eine Ein-Mann-Massenvernichtungswaffe zu finden und denjenigen, der sie einsetzen will. Unsere Helden sind dabei nur Figuren in einem epischen Schachspiel auf Leben und Tod. Liebe wird auf die Probe gestellt, Freundschaften werden zerrissen und Opfer müssen für Kirks letzte verbliebene Familie erbracht werden: Seine Mannschaft.

Die Kaiju, monströse außerirdische Kreaturen, erheben sich aus dem Meer und ziehen in einen Krieg gegen die Menschheit, der Unzählige das Leben kosten und die Reserven der Erde bis in alle Zeit aufbrauchen könnte. Um die Kaiju zu bekämpfen, wird eine spezielle Waffe hergestellt: Gigantische Roboter namens Jaeger, die durch zwei Piloten gesteuert werden, deren Gehirne durch eine neurale Brücke ebenfalls miteinander verknüpft werden. Jedoch scheinen selbst die ausgeklügeltsten Waffen an den übermächtigen Aliens zu scheitern. In ihrer Ratlosigkeit wenden sich die Streitkräfte der Erde an den abgehalfterten Ex-Piloten Raleigh Antrobus und seine unerfahrene Novizin Mako Mori, die ein scheinbar schlecht ausgerüstetes, älteres Modell der Jaeger gegen die Kaiju in den Kampf führen sollen. Die beiden werden zur letzten Hoffnung gegen die übermächtige apokalyptische Gewalt aus dem All.