Es ist das Jahr 10191. Das Weltall ist von den Menschen besiedelt und der herrschende Imperator Shaddam IV überträgt die Lehnsherrschaft über den Wüstenplaneten Arrakis, genannt Dune, an den Herzog Leto Atreides. Einzig dort kann das begehrte Spice, eine bewusstseinserweiternde Droge, gewonnen werden. Durch diese wird den Navigatoren des Imperiums die Raumfahrt mit Überlichtgeschwindigkeit ermöglicht und die Lebenserwartung verlängert. Doch der Herzog hat viele Feinde. Einer davon ist der sadistische Baron Vladimir Harkonnen, der mit allen Mitteln versucht die Familie des Herzogs zu vernichten, um so erneut die Herrschaft über Arrakis zu übernehmen.

Nachdem Doc Brown am Ende des ersten Teiles Marty mit in die Zukunft genommen hat, sieht er nun selbst, was aus ihm werden wird - ein abgehalfterter Angestellter, der am Ende der Karriereleiter steht.Marty und Doc Brown versuchen, der Zukunft einen kleinen Schubser in die richtige Richtung zu geben. Doch Biff gibt seiner eigenen Zukunft durch einen Fehler Martys eine neue Wendung - und dieser Fehler muß nun ausgebügelt werden...