Im 23. Jahrhundert bewegt sich das Böse in Form eines nahezu unzerstörbaren Kometen auf die Erde zu. Wird er nicht aufgehalten, wird er die Welt vernichten. Doch die Mondoshawan, ein uraltes, friedliebendes Volk, besitzen eine Waffe, das sogenannte fünfte Element, mit der der Komet vernichtet werden kann. Auf ihrem Weg zur Erde werden sie jedoch von bösen Mächten vernichtet, die den Untergang der Menschheit herbeiführen wollen. Wissenschaftlern aber gelingt es, das fast zerstörte fünfte Element wieder herzustellen. Durch eine Reihe von Zufällen wird schließlich der Taxifahrer Korben Dallas in die Geschichte hineingezogen: In seinen Händen liegt plötzlich die Zukunft der Menschheit.

Der junge Ägyptologen Dr. Daniel Jackson genießt in Fachkreisen nicht gerade hohes Ansehen und wird von seinen Kollegen für seine Vermutung, die seien ägyptischen Pyramiden erheblich älter als bisher angenommen, belächelt. Eines Tages tritt das US-Militär an den Jackson heran und bittet ihn um seine Hilfe. Im Jahr 1928 wurde in Ägypten ein geheimnisvolles Artefakt geborgen, ein riesiger Steinkreis mit ungewöhnlichen Schriftzeichen, die der junge Wissenschaftler übersetzen soll. Seine Analyse der Inschrift, die bis dahin nicht übersetzbar gehalten wurde, ergibt, dass es sich um ein "Sternentor" handelt, mit dessen Hilfe eine Verbindung zu einem fernen Planeten hergestellt werden kann. General West rekrutiert Colonel O'Neill, der zusammen mit Jackson und einigen Soldaten durch das Tor gehen soll, um die fremde Welt zu erkunden.

Nachdem Ellen Ripley, die kleine Newt, Soldat Hicks und der Android Bishop von LV 426 entkommen sind und sich mit dem Raumschiff USS Sulaco auf dem Rückweg zur Erde befinden, bricht wegen des säurehaltigen Blutes eines Facehuggers ("Gesichtsumklammerer") auf einem Zwischendeck ein Feuer aus. Eine Rettungskapsel wird abgesprengt und macht auf dem Planeten Fiorina "Fury" 161, auf dem sich nur eine Strafkolonie befindet, eine Bruchlandung. Corporal Hicks und Newt sterben bei dem Aufprall bzw. durch Ertrinken, der Android Bishop ist nicht mehr funktionsfähig. Neben Ripley überlebt die Landung nur ein Facehugger, der sich in einem Rottweiler schnell einen neuen Wirt sucht. Das kurz darauf neugeborene Alien beginnt bald die Strafgefangenen zu dezimieren.

Im Mittelpunkt des Film stehen zwei Soldaten, Luc Deveraux und Andrew Scott, welche sich gegenseitig während des Vietnamkrieges erschießen, nachdem Scott Amok gelaufen war. 23 Jahre später werden beide im Rahmen des streng geheimen Universal-Soldier-Programms wieder zum Leben erweckt; ihre Körper wurden nach ihrem Tod auf Eis gelegt und nun gentechnisch regeneriert. Eigentlich ohne eigenen Willen, beginnt Deveraux sich an seine Vergangenheit zu erinnern und versucht nun, seinem Dasein als Killermaschine innerhalb des Universal-Soldier-Programms zu entfliehen. Mit Hilfe der Reporterin Veronica Roberts kann er entkommen, wird jedoch von den anderen Soldaten seiner Einheit verfolgt. Schließlich kommt es zum Showdown zwischen Deveraux und Scott, da letzterer sich schließlich auch an die Vergangenheit erinnern kann und eine Rechnung zu begleichen hat.

Der NASA-Mitarbeiter Ziminski hört eines Tages an seinem Arbeitsplatz außerirdische Geräusche aus dem All. Als er seinen Chef davon in Kenntnis setzt, erhält er seine Entlassung. Nachdem dann noch sein Partner ermordet wird, ahnt Ziminski, dass etwas faul ist. Mit Hilfe seines eigenen Equipments verfolgt er das Signal bis nach Mexiko und macht dort eine ungeheure Entdeckung...