Nur die Men In Black kennen das bestgehütete Geheimnis der Welt: auf der Erde wimmelt es von Aliens! Außerirdische der unterschiedlichsten Art haben sich, als Menschen getarnt, auf dem Planeten breitgemacht. Einige werden geduldet, andere aufgespürt, gejagt, vertrieben. Und diesen Job erledigen die beiden zähesten unter den Alienjägern, die Agenten Mr. K und Mr. J. Doch dann landet ein intergalaktisches Riesenmonster auf der Erde - sein Ziel: die totale Vernichtung der Welt. Trotz optimaler High-Tech-Bewaffnung haben die beiden Super-Agenten jetzt einen lebensgefährlichen Auftrag. Als sie die Fährte des außerirdischen Eindringlings aufgenommen haben, scheint es fast zu spät zu sein - eine globale Katastrophe bahnt sich an...

Ein lautes Brüllen, schwere Schritte, die die Erde erschüttern lassen: Godzilla, eine nach französischen Atomversuchen zum Monster mutierte Echse, hält Einzug in New York und hinterläßt eine Spur unvorstellbarer Verwüstung. Das Militär ist machtlos gegen die Urgewalt des übermächtigen Gegners, selbst Raketen perlen an Godzilla ab wie Wassertropfen. Während die unverzagte Schlacht gegen die todbringende Kreatur immer wütender entbrennt, machen der Biologe Nick und der französische Geheimagent Roache die furchterregende Entdeckung, daß Godzilla Manhattan nicht zufällig angesteuert hat. Hinter seiner Wut lauert eine viel größere Gefahr. Eine Gefahr, die das Ende der Welt bedeutet, wenn nicht sofort gehandelt wird.