Basierend auf der gleichnamigen TV-Serie, die im Jahre 2006 nach nur drei Staffeln eingestellt wurde, führt der Film die recht offen geendete Serie fort, so dass frühere Rivalitäten wieder aufgenommen, Allianzen auf den Prüfstand gestellt und frühere Verletzungen und Niederlagen wieder zurück ins Bewusstsein gebracht werden.

Der Befehlshaber der US-Marine Admiral King (Michael Madsen) schickt ein Atom-U-Boot in den Pazifischen Ozean, wo es helfen soll, ein russisches U-Boot zu bergen, das dort aus ungeklärtem Grund gesunken ist. Doch am Unfallort angekommen, zeigen sich die Russen nur wenig kooperativ und allen ist schnell klar, dass verborgen werden soll, was sie an diesem entlegenen Ort im Pazifik gemacht haben. Es stellt sich heraus, dass sie versucht haben, ein geheimes Unterwasserkabel der Alliierten anzuzapfen, über das streng geheime Informationen ausgetauscht werden. Jedoch haben die Bohrarbeiten am Meeresgrund einen riesigen Urzeithai, den Megalodon, wiedererweckt, der nun die Jagd auf die Militärs eröffnet. Und nach tausenden Jahren ist sein Hunger gigantisch