Bei einer Aktion militanter Tierschützer wird in London ein tödlicher, sich rasend schnell verbreitender Virus freigesetzt, der friedliche Menschen innerhalb von Sekunden in mörderische Bestien verwandelt. 28 Tage nach der Katastrophe machen sich vier Überlebende auf den Weg nach Manchester, wo eine kleine Armee-Einheit angeblich Herr der Lage sein soll. Die Reise durch das verwüstete Großbritannien erweist sich als überaus gefährlich. Auf der Militärbasis angekommen, müssen Jim, Selina, Hannah und Frank erkennen, daß das schlimmste erst noch vor ihnen liegt.

Als eine Liste mit den Codenamen verdeckter Top-Agenten zum Verkauf angeboten wird, soll ein Team von Spezialagenten den Verräter auf frischer Tat überführen.Cruise spielt den Geheimagenten Ethan Hunt, der miterleben muss, wie seine Kollegen bei diesem Einsatz zu Tode kommen. Bei einem Treffen mit seinem Kontaktmann der CIA erkennt Hunt, daß hinter der Mission ein perfides Doppelspiel steckt. Als Überlebenden wird ihm die Schuld am Tod seines Teams angehängt. Um seine Unschuld zu beweisen, muß Hunt den wahren Maulwurf finden. Ob auf der Flucht vor Killerkommandos der Regierung, beim Eindringen in den Hochsicherheitstrakt der CIA oder gar am Dach eines Hochgeschwindigkeitszuges festgeklammert, Hunt muß alles daransetzen, seinen Verfolgern stets einen Schritt voraus zu sein und der schrecklichen Wahrheit Schritt für Schritt näher zu kommen...